III Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad
Descripción:
Este taller tratará el proceso de captura, manejo y publicación en internet de imágenes digitales de especímenes de colección y de otras imágenes relacionadas con proyectos de investigación en biodiversidad: láminas, preparaciones microscópicas, etc.
Los temas a tratar irán desde el equipamiento necesario y su configuración (óptica, iluminación, etc.), las técnicas de captura, el procesado de las imágenes y los (meta)datos a recoger para su publicación.
Los alumnos podrán aportar sus propias imágenes, que se procesarán y se publicarán en un servidor instalado al efecto.
Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:
- Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
- Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
- Conocimientos sobre la materia.
- Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.
- Orden de inscripción.
Con la colaboración de la Universidad de Navarra.
Programa
PARTE I: TÉCNICAS AVANZADAS DE IMAGEN DIGITAL.
Arturo H. Ariño y David Galicia.
Miércoles 14
9:30-9:45 – Bienvenida e introducción al curso
9:30-11:00 – Sesión introductoria: Teoría de la imagen digital
- Nociones básicas sobre imagen
-
- Naturaleza de la luz
- Óptica y formación de la imagen
- Teoría del Color
- Captura de una imagen
-
- Señal analógica y digital
- Sensores digitales y respuesta electrónica
- Requisitos de captura
- Sistemas de imagen digital
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- Componentes ópticos y electrónicos
- Equipos de tratamiento de imagen
- Software de análisis
11:00-11:30 – Pausa para café
11:30-13:30 – Sesión teórico-práctica: Adquisición de imagen.
- Fotografiado de especímenes bidimensionales
-
- Ejemplares zoológicos bidimensionales
- Plantas de herbario
- Láminas, papel, documentos
- Fotografiado de especímenes tridimensionales
-
- Sistemas y modos de iluminación
- Planos y ángulos de imagen
- Ejemplares de tamaño medio y grande
- Ejemplares para macrofotografía con SLR
- Motorización
- Fotomicroscopía
-
- Ejemplares para macrofotografía con estereomicroscopio
- Microfotografía y técnicas de contraste
- Casos especiales
-
- Cajas de colección
- Material en líquido
- Imagen morfométrica
- Imagen infrarroja
- Especímenes transparentes y brillantes
- Imagen para clasificación automática
13:30-15:00 Pausa para comer
15:00-16:45 – Sesión teórico-práctica: Prevención de problemas en la imagen
- Problemas fotográficos
-
- Resolución
- Color
- Geometría
- Artefactos
16:45-17:15 – Pausa para café
17:15-18:00
- Problemas informáticos
-
- Pérdida de información
- Conservación, archivo y durabilidad
- Costes
- Compatibilidad de formato
- Análisis automático de imagen
Jueves 15
09:30-11:00 – Fotografiado de ejemplares de los alumnos
En esta sesión, por turnos y por grupos de casos, los alumnos fotografiarán sus ejemplares de acuerdo a los criterios estudiados el día anterior. Los alumnos que no estén en el laboratorio tomando las fotos analizarán y criticarán las imágenes del otro grupo, así como las de muestra propuestas por los profesores o las que hayan traído consigo. En la sesión siguiente se abordará el postprocesado, corrección digital y realce.
11:00-11:30 – Pausa para café
11:30-13:30 – Sesión teórico-práctica: Postprocesado y análisis de imagen. Corrección.
- Procesos generales de la imagen
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- Reencuadre y recorte de imagen
- Redimensionamiento
- Ajuste de gama dinámica
- Corrección cromática
- Corrección geométrica
- Limpieza digital
- Ajuste de la nitidez
- Retoque fotográfico
-
- Tratamientos parciales en la imagen
- Segmentación
- Filtros
- Combinaciones de imágenes
-
- Algebra de imagen
- Montaje fotográfico
- Stacks, Automontaje y Extensión de foco
- Extensión de gama dinámica
13:30h–15:00 – Pausa para comer
15:00-18:00 – Sesión flexible con tiempo para continuar el fotografiado de ejemplares problema y tratamiento de formatos de imagen y metadatos.
- Formatos de imagen
-
- Formatos digitales sin pérdida
- RAW
- BMP
- TIFF
- Formatos digitales sin pérdida
-
- Formatos de compresión con pérdida única
- GIF
- CCIT
- Formatos de compresión con pérdida única
-
- Formatos de compresión con pérdida acumulativa y flexibles
- JPG
- JP2000
- Formatos de compresión con pérdida acumulativa y flexibles
- Metadatos
- EXIF
- Bases de datos de imagen
- Historial de proceso
- Documentación
- IPR
- Trazabilidad
PARTE II: EL PROCESO DE PUBLICACIÓN DE IMÁGENES DIGITALES DE BIODIVERSIDAD EN INTERNET. Silvia Lusa
Viernes 16
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9.30 – 11:00
- Proyectos y bibliotecas digitales en Internet (Flora brasiliensis, Herbario de Berlín, Morphobank, etc).
- Servidores de imágenes (eRez, IIPImage) vs Repositorio de imágenes.
- Visualizadores (zoomyfer, FSI Viewer).
- Servicio de alojamiento y publicación de imágenes de GBIF.ES.
- Integración del Servicio de alojamiento y publicación de imágenes en la infraestructura de GBIF.ES y de GBIF (protocolos, estándares, portales).
11:00- 11:30 Pausa para café
11:30-13:30
- Protocolo de uso del Servicio de alojamiento y publicación de imágenes e integración en la red de GBIF. Ejemplo de uso: "Proyecto de digitalización de los dibujos de la Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada (1783-1816), dirigida por José Celestino Mutis"
- Parte práctica: publicación en Internet de imágenes aportadas por los alumnos.
- Caso práctico I: Integración de imágenes digitalizadas por los alumnos con el visualizador zoomyfer y publicación en nuestra web.
- Caso práctico II: Integración de imágenes digitalizadas por los alumnos en el Servicio de Alojamiento de imágenes de GBIF.ES y publicación en nuestra web.
Documents of Interest
GBIF y la información primaria sobre biodiversidad. Cristina Villaverde (archivo .pdf; 1.6 Mb). Técnicas de imagen digital. Arturo Ariño y David Galicia (archivo .pdf; 1.3 Mb) Publicación de imágenes digitales de biodiversidad en internet. Silvia Lusa (archivo .pdf; 500 Kb)List of participants
Nº | Name | Organization |
---|---|---|
1 | Zarur de Matos Josy | |
2 | Sarmiento Melissa | |
3 | Navarro Andrés Nuria | |
4 | González López Raúl | CSIC-Real Jardín Botánico |
5 | Carabaña Lacasta Sergio | CSIC-Real Jardín Botánico |
6 | Sanjuanbenito Guillermo | CSIC-Real Jardín Botánico |
7 | Trotta Moreu Nuria | Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC, Madrid) |
8 | Meco Molina Ana | |
9 | Cabrera Hinojosa Fátima | |
10 | Marcos Prado María Teresa | |
11 | García Moreno Ana | |
12 | Torralba Burrial Antonio | Dpto. Biología de Organismos y Sistemas, Universidad de Oviedo |
13 | Quirce Vázquez Cinta | |
14 | Romo Benito Helena | |
15 | Moralo García Jesús Javier | Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC, Madrid) |
16 | Alonso Felpete José Ignacio | Jardín Botánico Atlántico [Herbario] |
17 | Barreiro Rodríguez Josefina | |
18 | Hernández García Francisco Javier |