Taller online GBIF.ES: Estandarización y publicación de datos de biodiversidad en GBIF y en revistas científicas
Descripción
Este taller teórico-práctico tiene como objetivo mejorar la capacidad de los participantes para preparar y publicar datos de biodiversidad utilizando como hilo conductor los procedimientos y portales de GBIF. Se abordarán aspectos relativos a la calidad, limpieza y depuración de los datos, estandarización y publicación a través de la herramienta Integrated Publishing Toolkit (IPT), así como la preparación de manuscritos para la publicación de artículos de datos (data papers).
El taller está organizado por GBIF.ES y está especialmente dirigido a investigadores/as y gestores/as ambientales que manejan datos de biodiversidad.
Metodología
El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (https://elearning.gbif.es/). Los contenidos del curso serán una combinación de vídeos, presentaciones y casos prácticos. Se estima que el tiempo necesario para completar el curso es equivalente a 30 horas lectivas, que se podrán repartir de manera libre a lo largo de las dos semanas de duración del curso. Los participantes podrán interaccionar con los docentes y el resto de participantes a través del foro de la plataforma e-Learning.
Pasos a seguir para matricularse:
- Rellenar formulario de inscripción hasta el 20 de abril de 2022.
- Publicación de lista de alumnos/as en la página web del taller primera semana de mayo de 2022.
- La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los alumnos admitidos para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 2 de mayo de 2022*.
*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente y la plaza pasará a la primera persona en lista de espera. Una vez se hayan confirmado todas las plazas del taller, se contactará con el resto de solicitantes comunicando la no admisión en el mismo.
Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:
- Manejo de datos potencialmente publicables en GBIF.
- Capacidad de difusión de los contenidos del taller.
- Adscripción a una institución/instituto que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
- Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
- Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF de la misma temática.
- Aprovechamiento y desempeño en talleres en los que el alumno haya participado anteriormente.
Avisos:
- En el taller se manejarán archivos .csv y .txt.
- Se requerirá el uso de Microsoft Office Access.
- Es recomendable tener un juego de datos propio para realizar algunos de los casos prácticos del taller.
- Todos los materiales (vídeos y presentaciones) estarán disponibles para su descarga una vez concluya el taller.
Programa
MÓDULO 0: INTRODUCCIÓN
- Ciencia, datos, resultados e infraestructuras - Francisco Pando (GBIF.ES)
- Experiencia de publicación de datos ecológicos a largo plazo - Andrea Ros Candeira (Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada)
- GBIF y la información primaria sobre biodiversidad - Cristina Villaverde
MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES
Introducción a la publicación de datos de biodiversidad - Miguel Vega
Flujo general de publicación de datos de biodiversidad en los portales de GBIF - Katia Cezón (GBIF.ES)
MÓDULO 2: ESTANDARIZACIÓN Y PREPARACIÓN DE LOS DATOS PARA SU PUBLICACIÓN
Estándares - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)
- Conceptos de estándares: tipos, vocabularios, fuentes
- Estándar Darwin Core
- Extensiones Darwin Core
- Darwin Core Archive
- Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit)
Caso práctico 01 - Adaptación al estándar Darwin Core
Conceptos básicos de la calidad y limpieza de datos de biodiversidad (definiciones y aspectos teóricos importantes) - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)
Herramientas útiles para la calidad y limpieza de los datos - Miguel Vega
Prácticas con herramientas para la limpieza y control de la calidad de los datos
- Caso práctico 02 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Species Matching
- Caso práctico 03 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Name Parser
- Caso práctico 04 - Herramientas para el tratamiento de las fechas
- Caso práctico 05 - Herramientas para la conversión de coordenadas
- Caso práctico 06 - Herramientas para la validación de datos - Validador de datos de GBIF
MÓDULO 3: PUBLICACIÓN DE DATOS EN EL SISTEMA DE GBIF
Licencias de Uso de los Datos - Francisco Pando
Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit) como herramienta de publicación y ejemplo guiado - Katia Cezón (GBIF.ES)
Caso práctico 07 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos de ejemplo
- Prácticas de publicación con juegos de datos de tipo registros de presencia, evento de muestreo y checklist.
- Prácticas de publicación avanzada (mediante el uso de extensiones de información para complementar la información anterior).
Caso práctico 08 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos propios
¿Cómo se verán los datos una vez publicados? Portales de GBIF.org y datos.gbif.es - Cristina Villaverde
MÓDULO 4: PUBLICACIÓN DE ARTÍCULOS DE DATOS (“DATA PAPERS”)
Introducción a los data papers: qué son y por qué publicarlos - David Galicia (Univ. Navarra) y Nora Escribano (Univ. Navarra)
- Costes asociados a la generación de un recurso - David Galicia (Univ. Navarra)
- Incentivos para la publicación de datos - David Galicia (Univ. Navarra)
- Objetivo y estructura de un data paper - David Galicia (Univ. Navarra)
- Plataforma ARPHA - Nora Escribano (Univ. Navarra)
Caso práctico 09: Elaboración de un data paper con la herramienta online Arpha.
Evaluación del curso.
tallerGBIFonlinePublicación
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| Nº | Name | Organization |
|---|---|---|
| 1 | Moracho Eva | Estación Biológica de Doñana-CSIC |
| 2 | Arribas Ramos Rosa | Estación Biológica de Doñana-CSIC |
| 3 | Tarifa Gabriel | Universidad Mayor de San Andrés |
| 4 | Extremera Cobo Dolores | Centro de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería |
| 5 | López Perea Maria Esmeralda | EBD - CSIC |
| 6 | Prieto Rubio Jorge | Estación Experimental del Zaidín (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) |
| 7 | Valeiras Mota Julio | IEO-CSIC (Cádiz) |
| 8 | Iniesta García Francisco José | Centro de Colecciones Científica de la Universidad de Almería |
| 9 | López del Río Rafael | GOBIERNO DE ARAGON |
| 10 | Spano Romina Clara | Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja -CRILAR- CONICET |
| 11 | Guillamón Díaz Nuria | Navantia |
| 12 | Sanchis Moreno Eugenio | Consejería de Medio Ambiente y Territorio - Servicio de Espacios Naturales (Islas Baleares) |
| 13 | González Montelongo Cristina | Universidad de La Laguna (Herbario TFC) |
| 14 | Ciudad Trilla Carlos | Tragsatec |
| 15 | Astorga Francisca | Universidad Mayor |
| 16 | Pérez Allende Roberto | Universidad de Córdoba |
| 17 | Reyes Muñoz Jesús Lumar | Universidad Juárez del Estado de Durango- Facultad de Ciencias Biológicas |
| 18 | Palacios Rodríguez Guillermo | Universidad de Córdoba |
| 19 | Pizarro Gavilán Manuel | Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC) |
| 20 | Mañeru Puig de la Bellacasa Isabel | FCC Medio Ambiente |
| 21 | Nebot Escrigues Anna | Jardí Botànic Universitat València |
| 22 | Guerrero Elena | Instituto de Ciencias del Mar - CSIC |
| 23 | Yela García José Luis | Universidad de Castilla-La Mancha |
| 24 | Martínez Medina Francisco Javier | OBIMASA- Consejería de Medio Ambiente-Ciudad de Ceuta |
| 25 | Brañas Valcárcel Neus | Museu de Ciències Naturals de Barcelona (MCNB) |
| 26 | Casañas Machín Iván | IEO-CSIC (Canarias) |
| 27 | Malvar Ferreras Teresa | Servicio de Herbario y Biobanco de ADN Vegetal Universidad de Salamanca |
| 28 | Salazar Mendías Carlos | Universidad de Jaén (Herbario JAEN) |
| 29 | Sempere Rodríguez María del Rosario | Estación Biológica de Doñana |
| 30 | Guardia Rubies Roser | Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal (CeDocBiV) Universidad de Barcelona |