I Taller GBIF de Iniciación a la aplicación Babilonia
Descripción:
Babilonia es una aplicación desarrollada dentro del seno de la Asociación Iberomacaronésica de Jardines Botánicos (AIMJB) para la informatización y gestión de registros almacenados en colecciones botánicas. Esta herramienta informática se ha desarrollado en un entorno Web que permite alcanzar ambos objetivos desde cualquier equipo informático con acceso a Internet.
La aplicación se ha concebido, desde sus inicios, como una base de datos en línea que permitiera el intercambio de información sobre los ejemplares registrados en instituciones botánicas. En el mejor de los casos estas instituciones están organizadas formando una red de trabajo en la que se plantean necesidades como la de conocer e intercambiar información sobre los ejemplares de herbario, de planta viva o de germoplasma que en ellas se custodian.
Babilonia se ha desarrollado en un entorno multiplataforma mediante el uso combinado del servidor de bases de datos relacionales MySQL y la programación de páginas Web en lenguaje PHP. Para su uso es necesario que la aplicación sea alojada en un servidor y de esta manera pueda hacerse accesible a la red de usuarios.
El objetivo del curso es dar a conocer esta herramienta de gestión a los responsables de la incorporación de datos a colecciones botánicas de planta viva, germoplasma y herbarios que necesitan contar con una herramienta que les permita interrelacionar los registros de varias colecciones de una misma institución entre sí, a la vez que controlar la trazabilidad de los registros que son incorporados a las diferentes colecciones.
Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones interesadas, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:
- Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF y pertenezca a la Asociación Iberomacaronésica de Jardines Botánicos.
- Número de solicitudes presentadas desde la misma institución.
- Ser ya usuario de Babilonia y haber asistido a otros talleres sobre Babilonia.
- Orden de inscripción.
Programa
Miércoles
9:30 - 9:45 - Bienvenida e introducción al curso. Cristina Villaverde.
9:45-11:00 Presentación de Babilonia. Generalidades
- ¿Qué es Babilonia? Historia de desarrollo. Ámbito de aplicación. Destinatarios potenciales. Babilonia v.1 y Babilonia v.2. Situación actual y perspectivas de futuro.
- ¿Qué se necesita para utilizar Babilonia?. Redes de usuarios de instituciones botánicas. ¿Cómo organizarse?. Servidores. Requerimientos de instalación
- Organización de la información en Babilonia
- Nivel de Información de Entradas
- Nivel de Información de Muestras
- Nivel de Información de Ejemplares
- Incorporación de nuevas instituciones. Nuevas colecciones. Permisos de copiado
- Incorporación de colecciones a una institución
- Tipos de colecciones soportados por Babilonia
- Gestión de colecciones
- Gestión de permisos de copia de datos a otras instituciones
- Incorporación de nuevos usuarios a Babilonia. Permisos de uso. Gestión de roles
- Gestión de contraseñas y gestión de datos de usuario
- Grupos de valores y listas de valores. ¿qué son y para qué sirven?
11:00-11:30 Pausa café
11:30-13:30 Generalidades sobre las ventanas de Babilonia
- Ventanas de listados de registros. Opciones generales:
- Búsquedas sencillas en los campos de la tabla que almacena los registros (búsquedas con criterios cadena exacta o búsqueda con criterio contiene…)
- Visibilidad de datos propios o visibilidad de datos generales. Casos particulares: destacado en negrita de datos con atributos particulares (tablas de taxonomía, tablas de nombres aceptados con/sin atributos),
- Copiado de registros de otros usuarios. (Ej. Copiado de registros taxonómicos, copiado de centros, copiado de personal, copiado de bibliografía)
- Eliminado de registros
- Ventanas de edición de registros: entrada de datos bibliográficos, entrada de países, entrada de provincias, entrada de localidades de recogida
- Edición taxonómica: gestión de sinónimos, gestión de plantas cultivadas (cultivares, grupos de cultivares), gestión de basiónimos, información de tipos, etc.
- Edición de autorías: gestión de nombres de autores, revisión de autorías en la taxonomía utilizada.
- Edición bibliográfica: gestión de abreviaturas de publicaciones y gestión de publicaciones.
13:30-15:00 Comida
15:00-16:00 Gestión de entradas y eventos de entrada
- Gestión de entradas individuales
- Gestión de eventos de entrada: ¿Qué son y para qué sirven?. Organización de la información. Facilitación de grabación de información para entradas que comparten datos. Mover registros desde un evento a otro. Asignar la misma localidad de recogida a varias entradas.
- Asignación de información de recogida a las entradas: desde la ventana de eventos de entrada o desde la ventana de edición de entradas. Creación de una nueva localidad de recogida.
16:00-18:00 (incluida pausa para café) Sesión práctica
Los participantes crearán nuevos centros, nuevas colecciones y nuevas entradas a la aplicación, a partir de los datos proporcionados por el profesor. Si los usuarios traen información propia podrán introducirla directamente en la aplicación.
Jueves
9:30-11:00 Sesión práctica. Repaso y continuación del ejercicio del día anterior
Resolución de problemas encontrados durante la sesión práctica del día anterior. Repaso del procedimiento de creación de entradas.
11:00-11:30 Pausa café
11:30-13:00 Generación de ejemplares y gestión de muestras
Operaciones con ejemplares
- Generación de ejemplares a partir de muestras. Número de ejemplares creados y número de colección. Posibilidad de generar ejemplares desde diferentes ventanas.
- Generación de ejemplares de herbario
- Generación de ejemplares de planta viva
- Generación de ejemplares de germoplasma
- Asignar determinaciones a uno o varios ejemplares. Modificar determinaciones.
- Asignar localización a un ejemplar de la colección. Gestión del árbol de localizaciones.
Operaciones con muestras
- Creación automática de muestras. ¿Qué información almacenan las muestras? Propagación de muestras en la aplicación. Muestras en el sentido de material pendiente de ser incorporado a la colección. Gestión futura de las muestras y necesidades.
- Generar muestras a partir de ejemplares existentes. Historial de propagación de muestras. Significado del campo Adic_propag. ¿Como se hereda este campo de un registro a otro? Trazabilidad de registros dentro de una institución.
13:30-15:00 Comida
15:00-18:00 (incluida pausa para café) Sesión práctica
Los participantes volcarán ejemplares a sus colecciones de trabajo y se asignarán una o más determinaciones. Prácticas de generación de nuevas muestras a partir de material preexistente (esquejado, cruzamiento controlado, etc.)
Creación de árboles de localización. Asignación de localizaciones a ejemplares de colección.
Viernes
9:30-11:00 Generación de consultas. Exportación de resultados
- Generación de consultas complejas. Guardado y modificado de consultas.
- Exportación de consultas a diferentes formatos
- Exportación de datos a partir de las ventanas de listado
- Etiquetado a partir de consultas. Ensayo de soluciones
11:00-11:30 Pausa café
11:30-13:00 Gestor de atributos taxonómicos. Servicio de datos a GBIF y evaluación
- Gestor de atributos taxonómicos. Tablas temporales de entradas, muestras y ejemplares
- Servicio de datos a GBIF. Visibilidad de registros
- Discusión sobre necesidades futuras. Lista de errores encontrados. Evaluación del taller.
Attached Documents
Formulario de inscripción GBIF y la información primaria sobre biodiversidad. Cristina Villaverde (archivo .pdf; 1.6 Mb) Presentación Babilonia. Parte I. (archivo .pdf; 1,3 Mb) Presentación Babilonia. Parte II. (archivo .pdf; 777 Kb) Hoja de ejercicios (archivo .doc; 12,3 Mb) Gestor de Localizaciones en Babilonia (vídeo) Gestores de Atributos Taxonómicos en Babilonia (vídeo) Eventos de Entrada en Babilonia (vídeo) Operaciones con Muestras en Babilonia (vídeo)Links of Interest
http://www.aimjb.net/babilonia/List of participants
Nº | Name | Organization |
---|---|---|
1 | Verdú Valiente Belén | Jardín Botánico-Histórico ‘La Concepción’ |
2 | Denis Burgos Amelia | Jardín Botánico-Histórico ‘La Concepción’ |
3 | López López Angel | Jardín Botánico de La Rioja |
4 | Nebot Almiñana Javier | Universidad de Valencia |
5 | Jiménez Ramírez Alfonso | Jardín Botánico de Castilla-La Mancha |
6 | Prados Ligero Josefa | Jardín Botánico de Córdoba |
7 | León Ruiz Eduardo | Jardín Botánico de Córdoba [Herbario] |
8 | Sánchez Saorín Francisco Javier | Consejería de Agricultura y Agua - Región de Murcia |
9 | Rivas Silvia | Real Jardín Botánico Juan Carlos I |
10 | Mira Pérez Sara | E.T.S.I. Agrónomos. UPM |
11 | Garmendia Altuna Joseba | Sociedad de Ciencias Aranzadi |
12 | Fernández Fernández Juan Gabriel | Real Jardín Botánico de Madrid, CSIC |
13 | de la Rosa Fernández Lucía | INIA-Centro Nacional de Recursos Fitogenéticos (CRF) |
14 | Prieto Ruiz Nuria | Real Jardín Botánico de Madrid, CSIC |
15 | Bertrán Chavarría David | Jardín Botánico de Barcelona |
16 | García San León David | Universidad de Santiago de Compostela, Laboratorio de Botánica, Fac. Farmacia. [Herbario] |
17 | Jiménez López Carmen | Jardín Botánico de Córdoba |
18 | Porras Castillo Inmaculada | Real Jardín Botánico Juan Carlos I |
19 | Membrives-Fernández Núria | Fundación "Karl Faust". Estación Internacional de Biología Mediterranea-Jardín Botánico Marimurtra |